O Plano Anual de Auditoria Interna resulta do planejamento realizado pelo Controle Interno do órgão, o qual norteará as atividades que deverão ser concretizadas. Com o PAAI, almeja-se desenvolver ações de controle que alberguem áreas ligadas às atividades orçamentárias, financeiras, suprimento de bens e serviços, recursos humanos, patrimônio, entre outras. Nesse processo, será feito um diagnóstico das áreas mais sensíveis da instituição, com base em metodologia específica.